«ربودگی‌های توکیو» داستانی پر از راز و رمز است که در خیابان‌های پرآوازه توکیو روایت می‌شود. کارآگاه آکیکو تاناکا به مدت بیش از ۱۵ سال به دنبال حل پرونده‌های ربودگی مرموز در این شهر است. همراه با یکی از قربانیان سابق، تاکشی ناکامورا، وارد یک سفر پر از تاریکی و پیچیدگی می‌شود، که آن‌ها را به بررسی پرونده‌های ناحیسی و شبکه‌های پیچیده قدرت و تبانی در سایه می‌برد.